En 1289, Saint-Jean-D'acre fut assiégé par le sultan mameluk qala'ûn (prononcé kalawoun). Henry II, roi de Chypre et de Jérusalem (couronné en 1285, à l'age de 15 ans) menait les croisés contre Qala'ûn, chacun accusait l'autre d'avoir violé le traité de paix.
Henry envoya des ambassadeurs au sultan et ils conclurent une trêve de 10 ans , le sultan accepta, mais les croisés avaient compris que les mameluks avaient décidé d'en finir avec eux. En avril 1289, Alfonso, roi du royaume d'Aragon signa un traité qui l'engageait a ne pas venir en aide a la ville d'Acre en cas de violation du traité de paix.
Le siège de Saint-Jean-D'acre en 1291 mis fin a la présence franque en Syrie, Le royaume de Jérusalem est déjà fort affaibli en cette année 1291, après que Saint-Jean-D'acre aie déjà été attaqué 2 ans plus tôt par le sultan Qala'ûn, mort le 10 novembre 1290. Son fils n'attend qu'une occasion d'assiéger à nouveau Saint-Jean-D'acre. Cette occasion lui sera donnée pendant la croisade populaire des italiens, qui, n'étant pourtant pas militaires, égorgent paysans et marchands musulmans arrivés en ville.
Lorsque le sultan envoya une déclaration de guerre, le consul d'acre cru a de simples menaces afin d'effrayer les consulats. Seul Guillaume de Beaujeu, grand maître des templiers depuis 1973 y croit, il envoie donc une délégation non-officielle de paix. Mais lorsque Al-Ashraf demande des dédommagements importants pour les morts et les blessés, le consul d'Acre refuse, et certain vont même jusqu'à traiter Guillaume de Beaujeu de traître. Quelques renforts arrivent d'Europe, plus ou moins 400 croisés, dont Burchard von Schwanden, grand maître de l'ordre teutonique. Mais il se résignera et retournera en Europe.
Le 6 avril au matin, le sultan arrive devant Saint-Jean-D'acre et met de suite le siège sur la ville. Il arrive non seulement avec une armée considérable, on parle de 120 000 hommes, contre 16 000 croisés, ce qui fait un rapport de dix contre un. Il dispose en plus de plusieures batteries d'artillerie.
Le 15 avril, Guillaume de Beaujeu, a la tête des templiers tentera une opération audacieuse, qui consistera a faire une percée dans les lignes des assiégeants, mais elle sera couronnée par un échec, leurs chevaux ayant trébuchés dans les cordages, les mameluks se sont ressaisis et ont tenu en échec les templiers qui se sont repliés en ville.
Henry II tentera de traiter avec le sultan, mais il ne veut rien savoir, il exige la rédition complète de la ville, en échange de quoi, il laissera la vie sauve aux civils.
Les semaines suivantes n'arrangeront pas les affaires des croisés, les bombardement gagnent en puissance, de ce fait, ils font une brèche dans la muraille, brèche que guillaume tentera vainement de consolider. Et une tempête arrive sur la ville, ce qui empêche d'évacuer femmes et enfants par le port.
Le 18 avril, les mameluks lanceront l'assaut décisif sur la ville, ils consolident leur position par la tour neuve, et entreront finalement par la porte de saint Antoine.
10 jours plus tard, la ville entière a succombé aux bombardements des mameluks. Le 28 Mai, la ville d'Acre est prise.